【参考答案】D。本题考查公文的作者。 
《XX大学关于表彰张三同志的决定》中的发文机关为“XX大学”，即为该公文的作者。故本题答案为D。
A项：机关负责人代表他的机关，相较而言D项答案最佳。 
B项：秘书只是撰写公文的人，不是公文作者。
C项：张三公文内容表彰的对象，而非公文作者。